|
|
Registro completo
|
Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
23/08/2022 |
Actualizado : |
22/05/2023 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Nacionales |
Autor : |
CARRACELAS, B.; NAVAJAS, E.; VERA, B.; CIAPPESONI, G. |
Afiliación : |
EMERITA BEATRIZ CARRACELAS MARQUEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ELLY ANA NAVAJAS VALENTINI, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; BRENDA VERA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CARLOS GABRIEL CIAPPESONI SCARONE, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
Título : |
SNP arrays evaluation as tools in genetic improvement in Corriedale sheep in Uruguay. [Evaluación de paneles de SNP como herramientas en la mejora genética de ovinos Corriedale en Uruguay]. [Avaliação de painéis de SNP como ferramentas em melhoramento genético de ovinos Corriedale no Uruguai]. |
Complemento del título : |
Animal production and pastures. |
Fecha de publicación : |
2022 |
Fuente / Imprenta : |
Agrociencia Uruguay, 2022, vol. 26, number 2, article e998. doi: https://doi.org/10.31285/AGRO.26.998 |
ISSN : |
2730-5066 |
DOI : |
10.31285/AGRO.26.998 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Received 09 Feb 2022; Accepted 30 May 2022; Published 19 Aug 2022. Editor: Mariana Carriquiry, Universidad de la República, Facultad de Agronomía, Montevideo, Uruguay. Correspondence: Beatriz Carracelas, bcarracelas@inia.org.uy -- License: This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. (CC BY 4.0). |
Contenido : |
ABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento de huevos por gramo en heces (HPG) y diámetro de fibra (DF) en la raza Corriedale. El análisis incluyó 19547 corderos con datos fenotípicos y 454, 711 y 383 genotipados con paneles o chips de 170, 507 y 50K SNP, respectivamente. Los EBV y GEBV se estimaron con un modelo animal univariado que incluyó los efectos fijos:grupo contemporáneo, tipo de nacimiento y edad de la madre,y edad al registro como covariable. Se consideraron pesos diferenciales (?) en la matriz de relaciones genómicas, identificándose los modelos con mejor ajuste con el criterio de información de Akaike (AIC), que fueron utili-zados para la estimación de los GEBV y sus precisiones. El uso de ?solo impactó en el ajuste con paneles de baja densidad. No se encontraron diferencias en las precisiones promedio de la población total. En cambio, en el subgrupo de animales genotipados las precisiones aumentaron 2% con 170 SNP (?=0.25), y con 507 SNP 5% (?=0.5) y 14% (?=0.75). No hubo diferencias en precisiones de los EBV y los GEBV de DF. Los resultados muestran que es posible aumentar las precisiones de los GEBV aun con paneles de baja densidad. -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMO.- Uma alternativa para o controle de nematóidesgastrointestinais (NGI) é a seleção genética. O objetivo deste trabalho foi comparar as precisões dos valores genéticos estimados (EBV) e dos EBVs genômicos (GEBV) da contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e diâmetro de fibra (DF) na raça Corriedale. Aanálise incluiu 19547 cordeiros com dados e 454, 711 e 383 genotipados de 170, 507 e 50K SNPs, respectivamente. Foram estimados os EBV e GEBV com um modelo animal univariado que incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, tipo de nascimento e idade da mãe e idade no registro (covariável). Pesos diferenciais (?) foram considerados na matriz de relações genômicas, identificando os modelos com melhor ajuste via critério de informação de Akaike (AIC), os quais foram utilizados para estimar o GEBV e suas precisões. O uso de ?=0.75 somente impactou no ajuste com painéis de baixa densidade. Não foram encontradas diferenças na precisão média da população total. Em contraste, no subgrupo de animais genotipados as precisões aumentaram 2% com 170 SNPs (?=0.25), e com 507 SNPs 5% (?=0.5) e 14% (?=0.75). Não houve diferenças na precisão de EBV e GEBV de DF. Os resultados mostram que é possível aumentar a precisão de GEBVs mesmo que se utilizem painéis de baixa densidade. MenosABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento... Presentar Todo |
Palabras claves : |
Accuracy; FEC; GEBV; HPG; OPG; Precisão; Precisión. |
Thesagro : |
CORRIEDALE. |
Asunto categoría : |
L10 Genética y mejoramiento animal |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16637/1/998-Article-Text-6221-1-10-20220819.pdf
|
Marc : |
LEADER 05383naa a2200289 a 4500 001 1063543 005 2023-05-22 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a2730-5066 024 7 $a10.31285/AGRO.26.998$2DOI 100 1 $aCARRACELAS, B. 245 $aSNP arrays evaluation as tools in genetic improvement in Corriedale sheep in Uruguay. [Evaluación de paneles de SNP como herramientas en la mejora genética de ovinos Corriedale en Uruguay]. [Avaliação de painéis de SNP como ferramentas em melhoramento genético de ovinos Corriedale no Uruguai].$h[electronic resource] 260 $c2022 500 $aArticle history: Received 09 Feb 2022; Accepted 30 May 2022; Published 19 Aug 2022. Editor: Mariana Carriquiry, Universidad de la República, Facultad de Agronomía, Montevideo, Uruguay. Correspondence: Beatriz Carracelas, bcarracelas@inia.org.uy -- License: This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. (CC BY 4.0). 520 $aABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento de huevos por gramo en heces (HPG) y diámetro de fibra (DF) en la raza Corriedale. El análisis incluyó 19547 corderos con datos fenotípicos y 454, 711 y 383 genotipados con paneles o chips de 170, 507 y 50K SNP, respectivamente. Los EBV y GEBV se estimaron con un modelo animal univariado que incluyó los efectos fijos:grupo contemporáneo, tipo de nacimiento y edad de la madre,y edad al registro como covariable. Se consideraron pesos diferenciales (?) en la matriz de relaciones genómicas, identificándose los modelos con mejor ajuste con el criterio de información de Akaike (AIC), que fueron utili-zados para la estimación de los GEBV y sus precisiones. El uso de ?solo impactó en el ajuste con paneles de baja densidad. No se encontraron diferencias en las precisiones promedio de la población total. En cambio, en el subgrupo de animales genotipados las precisiones aumentaron 2% con 170 SNP (?=0.25), y con 507 SNP 5% (?=0.5) y 14% (?=0.75). No hubo diferencias en precisiones de los EBV y los GEBV de DF. Los resultados muestran que es posible aumentar las precisiones de los GEBV aun con paneles de baja densidad. -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMO.- Uma alternativa para o controle de nematóidesgastrointestinais (NGI) é a seleção genética. O objetivo deste trabalho foi comparar as precisões dos valores genéticos estimados (EBV) e dos EBVs genômicos (GEBV) da contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e diâmetro de fibra (DF) na raça Corriedale. Aanálise incluiu 19547 cordeiros com dados e 454, 711 e 383 genotipados de 170, 507 e 50K SNPs, respectivamente. Foram estimados os EBV e GEBV com um modelo animal univariado que incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, tipo de nascimento e idade da mãe e idade no registro (covariável). Pesos diferenciais (?) foram considerados na matriz de relações genômicas, identificando os modelos com melhor ajuste via critério de informação de Akaike (AIC), os quais foram utilizados para estimar o GEBV e suas precisões. O uso de ?=0.75 somente impactou no ajuste com painéis de baixa densidade. Não foram encontradas diferenças na precisão média da população total. Em contraste, no subgrupo de animais genotipados as precisões aumentaram 2% com 170 SNPs (?=0.25), e com 507 SNPs 5% (?=0.5) e 14% (?=0.75). Não houve diferenças na precisão de EBV e GEBV de DF. Os resultados mostram que é possível aumentar a precisão de GEBVs mesmo que se utilizem painéis de baixa densidade. 650 $aCORRIEDALE 653 $aAccuracy 653 $aFEC 653 $aGEBV 653 $aHPG 653 $aOPG 653 $aPrecisão 653 $aPrecisión 700 1 $aNAVAJAS, E. 700 1 $aVERA, B. 700 1 $aCIAPPESONI, G. 773 $tAgrociencia Uruguay, 2022, vol. 26, number 2, article e998. doi: https://doi.org/10.31285/AGRO.26.998
Descargar
Esconder MarcPresentar Marc Completo |
Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
|
Biblioteca
|
Identificación
|
Origen
|
Tipo / Formato
|
Clasificación
|
Cutter
|
Registro
|
Volumen
|
Estado
|
Volver
|
|
Registros recuperados : 19 | |
4. | | CARRACELAS, B.; NAVAJAS, E.; VERA, B.; CIAPPESONI, G. Estudio de asociación de genoma completo para resistencia genética a nematodos gastrointestinales en ovinos Corriedale. [abstract]. In: AUPA, Proceedings del VII Congreso Uruguayo de Producción Animal. Sección Una Sola Salud (Single Health Section), 14 y 15 diciembre 2021. Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, 29(Supl.1), p.96. (Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, Vol.29, Supl.1) Corresponding author: B. Carracelas, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Ruta 48 Km 10, Las Brujas, Uruguay, mailto: bcarracelas@inia.org.uyTipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
6. | | CARRACELAS, B.; NAVAJAS, E.; VERA, B.; CIAPPESONI, G. SNP arrays evaluation as tools in genetic improvement in Corriedale sheep in Uruguay. [Evaluación de paneles de SNP como herramientas en la mejora genética de ovinos Corriedale en Uruguay]. [Avaliação de painéis de SNP como ferramentas em melhoramento genético de ovinos Corriedale no Uruguai]. Animal production and pastures. Agrociencia Uruguay, 2022, vol. 26, number 2, article e998. doi: https://doi.org/10.31285/AGRO.26.998 Article history: Received 09 Feb 2022; Accepted 30 May 2022; Published 19 Aug 2022. Editor: Mariana Carriquiry, Universidad de la República, Facultad de Agronomía, Montevideo, Uruguay. Correspondence: Beatriz Carracelas,...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Nacionales | Circulación / Nivel : Nacional - -- |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
8. | | VERA, B.; NAVAJAS, E.; DE BARBIERI, I.; VAN LIER, E.; CIAPPESONI, G. Agroecological breeding: genomic evaluation in Australian Merico. [abstract]. In: REDBIO México 2022, XI Congreso, "Biotecnología productiva y sostenible". Libro de resúmenes. 12-14 octubre 2022, Yucatán, México. p.29 This project received funding from SMARTER Horizon 2020 number 772787, RUMIAR, CSIC I+D-2018-287.Tipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
9. | | VERA, B.; DE BARBIERI, I.; FERREIRA, G.; NAVAJAS, E.; CARRACELAS, B.; CIAPPESONI, G. Asignación de parentesco y detección de superfecundación heteropaternal en ovinos Merino Australiano mediante paneles de SNP. In: AUPA, Proceedings del VII Congreso Uruguayo de Producción Animal. Sección Cambio Climático y Producción Sostenible (Climate Change Section), 14 y 15 diciembre 2021. Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, 29(Supl.1), p.85-87. (Archivos Latinoamericanos de Producción Animal, Vol.29, Supl.1) Corresponding author: B. Vera, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Ruta 48 km 10, Las Brujas (Uruguay), mailto: bvera@inia.org.uyTipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
12. | | RAMOS, Z.; GARRICK , D. J.; BLAIR, H. T.; VERA, B.; CIAPPESONI, G.; KENYON, P. R. Genomic regions associated with wool, growth and reproduction traits in Uruguayan Merino Sheep. Genes, 2023, volume 14, issue 1, article 167. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.3390/genes14010167 Article history: Received 13 December 2022; Revised 29 December 2022; Accepted 4 January 2023; Published 7 January 2023. -- Correspondence author: Zully Ramos, email: z.ramosalvez@massey.ac.nz -- Academic Editor: Qiuyue Liu -- This...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
14. | | BLUMETTO, O.; DE BARBIERI, I.; NAVAJAS, E.; BAETHGEN, W.; VERA, B.; BECOÑA, G.; CIAPPESONI, G. Regenerative livestock farming in Uruguay. Montevideo (UY): INIA, 2023. 23 p. (INIA, Special Edition). Technical review: Ing. Agr. PhD Verónica Ciganda y DMV PhD Georgget Banchero. -- This publication derives from the research work of the Natural Resources, Production and Environment Area, within the framework of the Extensive Livestock...Tipo: Ediciones Especiales |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
15. | | VERA, B.; NAVAJAS, E.; DE BARBIERI, I.; VAN LIER, E.; CIAPPESONI, G. Predicciones genómicas para rasgos productivos y de valor ambiental en ovinos Merino Australiano. [resumen]. In: REDBIO México 2022, XI Congreso, "Biotecnología productiva y sostenible". Libro de resúmenes. 12-14 octubre 2022, Yucatán, México. p.122. Este trabajo fue parcialmente financiado por los proyectos SMARTER (772787), RUMIAR, GrassToGas, CSIC I+D-2018-287.Tipo: Abstracts/Resúmenes |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
16. | | VERA, B.; MONZALVO, C.; NAVAJAS, E.; DE BARBIERI, I.; CARRACELAS, B.; VAN LIER, E.; CIAPPESONI, G. Predicción del valor genético de ovinos en predios comerciales para emisión de metano, eficiencia de conversión y características productivas. Revista INIA Uruguay, Diciembre 2022, no.71, p. 34-37. (Revista INIA; 71)Tipo: Artículos en Revistas Agropecuarias |
Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
| |
17. | | CIAPPESONI, G.; DE BARBIERI, I.; MONTOSSI, F.; RAMOS, Z.; GIMENO, D.; VERA, B.; GIONANNINI, N. PL-3 Pass, present and future of Merino in Argentina and Uruguay. [conference abstract]. Animal - science proceedings, March 2023, Volume 14, Issue 1, Pages 3-5. doi: https://doi.org/10.1016/j.anscip.2023.01.004 Article history: Available online 13 March 2023, Version of Record 13 March 2023. -- Corresponding author: Gabriel Ciappesoni Scarone. E-mail: gciappesoni@inia.org.uy --
Animal - science proceedings Volume 14, Contents: 10th...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
18. | | CIAPPESONI, G.; MARQUES, C. B.; NAVAJAS, E.; PERAZA, P.; CARRACELAS, B.; VERA, B.; VAN LIER, E.; DE BARBIERI, I.; SALADA, S.; MONZALVO, C.; CASTELLS, D. Breeding for sheep parasite resistance in extensive production systems in Uruguay: From phenotype to genotype. Advances in biotechnologies for improving livestock breeding and feeding. In: Viljoen, G., Garcia Podesta, M. & Boettcher, P. (eds). 2023. International Symposium on Sustainable Animal Production and Health - Current status and way forward. Vienna, Austria, 28 June to 2 July 2021. Rome, FAO. Pp.224-236. https://doi.org/978-92-5-137052-0Tipo: Capítulo en Libro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
19. | | NAVAJAS, E.; RAVAGNOLO, O.; DE BARBIERI, I.; PRAVIA, M.I.; AGUILAR, I.; LEMA, O.M.; VERA, B.; PERAZA, P.; MARQUES, C. B.; VELAZCO, J.I.; CIAPPESONI, G. Genetic selection of feed efficiency and methane emissions in sheep and cattle in Uruguay: progress and limitations. [29] Part 5 - Novel traits: environment and greenhouse gas- In: Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), 12., Rotterdam, the Netherlands, 3-8 July 2022. doi: https://doi.org/10.3920/978-90-8686-940-4_29 164-167. Article history: Published online: February 9, 2023. -- Corresponding author: E.A. Navajas, email: enavajas@inia.org.uy -- Acknowledgements: The authors acknowledge the funding organizations INIA, Agencia Nacional de Investigación e...Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
| |
Registros recuperados : 19 | |
|
Expresión de búsqueda válido. Check! |
|
|